Heel vroeger kende de Schoterveenpolder een natuurlijke afwatering die via een lange wetering naar de Jan Gijzenvaart liep. De Jan Gijzenvaart is vanaf de duinrand van Santpoort als zandvaart gegraven richting het Spaarne. Vanaf de duinrand bij Bloemendaal, toen Aelbertsberg, werd rond 1500 nog een zandvaart gegraven die al vrij snel weer werd opgeheven. Deze Heussensvaart liep ook naar het Spaarne. Tijdens het Spaans Beleg in 1572 werd het oostelijk deel van de vaart opnieuw gebruikt voor de toevoer van wapens en goederen naar het Huis ter Kleef waar de belegeraar was ingekwartierd. Dit deel van de vaart werd bekend als Spaansevaart.
Omstreeks 1635 werd besloten om de landerijen van Schoten gezamenlijk te gaan bemalen met behulp van een windmolen. De molen werd geplaatst op de kruising van de Weteringssloot en de Heussens- of Spaansevaart en maalde uit via deze lange voorboezem op het Spaarne, zijnde Rijnlandsboezem. Na de stadsuitbreiding aan de oostkant van Haarlem werd de afwatering omgelegd naar de Delft.
Op 28 mei 1860 brak een onderdeel van de koker en zakte de kast gevaarlijk scheef op de zetel waardoor ingrijpende herstelwerkzaamheden nodig waren. Volgens de gevelsteen in de oostmuur is de molen op 20 juni 1894 van een nieuwe fundering voorzien.
Van de oorspronkelijk 205 ha. grote polder is niet veel meer over. Het kleine restant vormt nu een weidegebied omringd door sloten. De landschappelijke waarde van de molen werd in de jaren ’20 van de vorige eeuw ernstig beperkt door stadsuitbreiding. De Gemeente Schoten werd in 1927 geannexeerd door de Gemeente Haarlem. Sindsdien staat de molen aan drie kanten ingebouwd door de woonhuizen van Haarlem-Noord.
In 1922 kwam het gemaal aan de Delft gereed, waarna de molen buiten bedrijf werd gesteld. In 1933 werd het zuidelijke deel ontpolderd. De resterende 45 ha. in het noorden, werden door de Gemeente Haarlem gekocht, die tenslotte om opheffing van de polder verzocht. in 1935 werd er een elektrisch aangedreven vijzel in de molen aangebracht die uitmaalde op de voorwaterloop. Deze vijzel is inmiddels weer verdwenen.
De molen werd af en toe in bedrijf gesteld door o.a. molenaar van der Stoop waaraan de molen zijn lokale naam te danken heeft; de molen van Stoop of de Stoop. Omdat de molen oorspronkelijk geen naam heeft wordt deze tegenwoordig aangeduid met : Molen van de Schoterveenpolder.
In het voorjaar van 1995 kreeg molenmaker Poland uit Oterleek de opdracht om de molen op te knappen. De kast werd ontmanteld en gerestaureerd, voorzien van een nieuw dak en beplanking en de ingezakte waterloop werd hersteld. het metselwerk van de krimpmuur steunde tegen het scheprad en maakte draaien onmogelijk.
Stichting Molens Zuid Kennemerland
In 2002 is de Molen van de Schoterveenpolder in beheer overgedragen aan de SMZK. Sindsdien is de molen zeer regelmatig draaiend te bewonderen. De vrijwillige molenaar en de medewerkers hebben in de afgelopen jaren enorm veel werk verzet om van de molen weer een werkende poldermolen te maken. Het gaande werk werd waar nodig vrijgemaakt van hindernissen en correct afgesteld. Het scheprad is weer in staat om water uit de polder te halen.