De Bakenesserkerk was oorspronkelijk een grafelijke kapel gewijd aan Maria. Vermoed wordt dat deze kapel dateert uit de dertiende eeuw. De kerk zelf dateert waarschijnlijk uit de vijftiende eeuw. De westzijde van de kerk ligt aan de Vrouwestraat, op minder dan een steenworp afstand van de Bakenessergracht in Haarlem. De oostzijde grenst aan ’t Krom, zo genoemd omdat hier vroeger de smeden van zwaarden woonden. De kerk heette voor de reformatie Onze Lieve Vrouwekapel op Bakenesse. Aanvankelijk was de Bakenesserkerk een katholieke kerk, maar tijdens de reformatie ging de kerk in 1577 over naar de hervormden. In de zeventiende eeuw werd de kerk uitgebouwd: er kwam aan de noordzijde een tweede beuk bij. De hoofdingang, voorheen aan de Bakenesserstraat, werd verlegd naar de Vrouwestraat. In de negentiende eeuw maakte de schilder Johannes Bosboom een aantal schilderijen van het interieur van de kerk.